Les pertes françaises
Les chiffres concernant les Français de métropole et d’Algérie, les « Français musulmans » et les légionnaires sont les mieux connus (JO des 4 et 7 août 1986) : 24 614 militaires décédés dont 371 marins, 1 047 de l’Armée de l’air et 487 gendarmes. Après le cessez le feu, 360 autres militaires sont morts, sans compter les disparus. Sur ces près de 25 000 militaires décédés, on dénombre environ 5 000 « Français musulmans » tués dont les deux tiers étaient des appelés157. En outre, on compte 65 000 blessés militaires158.
Pour les civils français, le total est de 2 788 tués. Il faut y ajouter, après le cessez le feu, 3 018 enlèvements dont 1 282 retrouvés (déclaration de Broglie du 24 novembre 1964, confirmée par lettre Santini du 9 novembre 1994), chiffres proches de ceux de Pervillé qui évoque 2 000 tués sur 3 000 enlevés158.
Après le 2 juillet 1962, il est à déplorer plus de 500 militaires « morts pour la France » en Algérie, dont plus de la moitié ont été tués ou enlevés par l’ALN159.
D’après le Service historique du ministère de la Défense, il est constaté :
En 1962 : 1 039 militaires morts (540 appelés et 209 engagés).
En 1963 : 122 militaires morts (74 appelés et 18 engagés).
En 1964 : 46 militaires morts (15 appelés et 17 engagés).
Les pertes de la population musulmane algérienne
Les sources divergent beaucoup sur la question des pertes algériennes, qui sont difficiles à évaluer avec précision, faute d’une enquête réalisée dans toutes les localités d’Algérie160. Benjamin Stora évoque la difficulté de décompter le nombre des victimes civiles: tués dans les zones éloignées, victimes des opérations armées ou de bombardements de l’armée française, exécutées par l’ALN et ceux pris entre deux feux161.
Le général de Gaulle parlait de 78 000 victimes en octobre 1958, et de 145 000 en novembre
Selon Djamila Amrane (archives algériennes), sur un total cumulé de 336 748 moudjahidines (132 290 maquisards du FLN et 204 458 civils du FLN) 152 863 ont été tués, valeur qui correspond sensiblement à l’évaluation du 2e Bureau.
Les civils forment la majeure partie des pertes humaines des populations musulmanes. Les chiffres de un million (journal El Moudjahid, dès 1959), puis de un million et demi de morts, ont été avancés en Algérie, sans base historique sérieuse.
Des historiens et des démographes se sont penchés sur la question : selon Guy Pervillé « Contrairement au mythe accrédité en Algérie […] la guerre n’a pas causé 1 million ni 1 million et demi de morts algériens […] même si la comparaison des recensements d’avant et d’après 1962 ne permet pas d’établir en toute certitude un bilan inférieur à 300 000, voire à 250 000 morts ». Xavier Yacono, dans une étude parue en 1982, estime, toujours à partir des recensements, les pertes algériennes à un peu moins de 300 000 morts, bilan proche d’une estimation de Krim Belkacem. Exploitant les travaux de chercheurs ayant utilisé la même méthode scientifique classique de comparaison des recensements de population et d’analyse de la pyramide des âges pour calculer « la surmortalité de la guerre », Benjamin Stora situe le déficit entre 350 000 et 400 000 morts, soit 3% de la population algérienne161.
La guerre fratricide entre le FLN et le MNA, mouvement de Messali Hadj fait 4 300 tués et 9 000 blessés en France et environ 6 000 tués et 4 000 blessés en Algérie158.
Le FLN a été responsable, entre 1954 et le 19 mars 1962, de la mort de 16 378 civils algériens et de 13 296 disparus, selon Guy Pervillé158.
Quant au nombre de harkis massacrés après le cessez-le-feu, les estimations varient entre 15 000 et 100 000 personnes169. Les chiffres des morts sont encore contestés car basés sur des témoignages locaux et supposés étendus à l’ensemble du pays ; ce qui est peu probable. Toutefois selon Jean-Charles Jauffret : « Il semble qu’un consensus rassemble peu à peu les historiens français à propos de cette question et qu’une évaluation entre 60 à 80 000 victimes soit retenue »170. Les massacres de supplétifs ont commencé dès mars 1962 et ont culminé à l’automne. Ils sont dus à des règlements de compte entre clans rivaux, des vengeances mais aussi au zèle des « marsiens », ralliés FLN de la 25e heure, voulant montrer leur patriotisme de façade.
Par ailleurs, la torture pendant la guerre d’Algérie a été pratiquée aussi bien par l’armée française que par les insurgés algériens. Le nombre de torturés n’est pas connu mais il devrait concerner des centaines de milliers d’indigènes et des centaines de prisonniers français171.
Le nombre de disparus n’a jamais été connu. Certains ayant été exécutés et ensevelis dans des fosses communes clandestines ou dans des stades municipaux.